Nació en Jerez de la Frontera en 1545 y estudió en el Colegio de la Compañía de Jesús de Sevilla. Su ministerio lo llevó a recorrer toda Andalucía, desde Sanlúcar de Barrameda y Vejer de la Frontera en Cádiz hasta Guadix, Motril y Granada; pasando por Cazorla, Úbeda y Baeza en Jaén; La Rambla, Porcuna y Córdoba; Aracena, Cortegana y Linares de la Sierra en Huelva o Montijo, Lobón y Fregenal de la Sierra en Extremadura. Sin embargo, sus misiones apostólicas más importantes las llevó a cabo en los pueblos de la provincia de Sevilla en general y en la capital hispalense en particular, donde se consagró a los pobres, los marginados y los presidiarios. Así, el jesuita León fundó casas para mujeres arrepentidas en El Arenal, un hospital para galeotes en Triana, una cofradía en la cárcel para atajar la blasfemia y una Congregación de Caballeros Incondicionales «para sacar a los presos del pozo de sus muchas desgracias».
El manuscrito del padre León se titula Compendio de algunas experiencias en los ministerios de que vsa la Compañía de IESVS, con que prácticamente se muestra con algunos acaecimientos y documentos el buen acierto en ellos, del cual solamente existen dos copias íntegras: uno en Granada fechado en 1619 y otro en Salamanca datado en 1628. El Compendio fue publicado por primera vez bajo el título de Grandeza y Miseria en Andalucía. Testimonio de una encrucijada histórica (1578-1666), en una edición al cuidado de Pedro Herrera Puga S.I. y prologada por Antonio Domínguez Ortiz, gracias a la Facultad de Teología de la Compañía de Jesús de Granada.
El padre León coincidió en la Cárcel Real de Sevilla con Miguel de Cervantes Saavedra y no sería descabellado suponer que confesara más de una vez al autor del Quijote. Pedro León falleció en 1632 en la Casa Profesa de la Compañía de Jesús de Sevilla, después de haber ayudado a bien morir a docenas de condenados recogidos en una jugosa «Lista de Ajusticiados». F.I.