La historia que se cuenta en Pepita Jiménez es la morosa desconversión del seminarista Luis de Vargas, quien orgullosamente afanado en sus raptos de amor divino va paulatinamente perdiendo esos afanes en aras de un amor terrenal que tiene como sujeto a la joven viuda Pepita Jiménez, a quien, por otra parte, pretende el padre de Don Luis, Pedro de Vargas, cacique del lugar andaluz donde se desarrolla la ficción. El desenlace es el matrimonio entre Pepita y Luis, gracias a los buenos oficios de la locuaz criada Antoñona y al amparo de una naturaleza ardiente. En tal desenlace se quiso ver, desde un buen principio, la mano de Valera, armonizando amor divino y amor humano, mundo de la mística y mundo de la razón, espíritu y naturaleza, vida beata y vida familiar y doméstica. Manuel Azaña, partiendo de la transigencia y liberalismo de Valera, escribía en 1927: «nada es inútil en la energía espiritual, nada de ella se pierde; pero es aberración detestable querer saltar, si puede decirse, fuera del mundo que nos sostiene: el acuerdo de espíritu y naturaleza constituye lo humano. Si hay alguna tesis en Pepita Jiménez, concebida precisamente cuando el radicalismo en triunfo proscribía el ideario católico tradicional, es la de representar ese acuerdo bajo figuras novelescas». El exquisito tacto narrativo de Valera nos acerca a los resortes últimos de la personalidad de Luis de Vargas y a la fascinante figura de Pepita, que la recupera para las dichas y los goces del presente. «Cuando apareció Pepita Jiménez, verdadero prodigio de belleza en el lenguaje, gracioso alarde de elegancia y soltura en el estilo, salíamos de los antros de los novelistas sin gramática; no se escribían aquí apenas novelas en español que fuera claramente español; el encanto de la expresión nos deslumbró a todos». Leopoldo Alas, «Clarín»